2003年にそれまでの「AFCアジアクラブ選手権」と「AFCアジア・カップウィナーズカップ」が統合され「AFCチャンピオンズリーグ」として生まれ変わりました。また、2012シーズンからは参加チームが32クラブに増え出場枠の振り分けも大きく変更されました。
AFCによるリーグ運営の点での評価を元に、同一リーグから最大で4クラブ（日本、韓国、中国、サウジアラビア、イラン）が出場する一方でリーグ運営において問題点が多いと指摘されたリーグの出場枠が1〜2枠から0.25枠へと大きく削減されているほか、出場枠がなくなったリーグもあります。また、前回優勝クラブの出場枠も廃止されました。
グループステージは、32クラブを4クラブずつA〜H組の8組に分け、さらに移動を考慮しA〜D組は西アジア地区、E〜H組は東アジア地区と東西に分けて開催されます。各組上位2チームがノックアウトステージに進出します。
2014シーズンからノックアウトステージのラウンド16から準決勝までは東西に分かれてH&Aで対戦する方式になりました。決勝戦はH&A方式の試合制で行われます。